学校的排行榜制定有来自民间和教育界的需要，宜宽容地进行规范，不宜采取行政手段简单制止。医学学科由于有较强专业性，所以和普通的高校排名有所不同。下面引用一些机构制定的排名，各机构排名都有所出入，谨供大家参考：

海文教育集团咨询中心--全国医学院校排名

　　1.清华大学北京协和医学院(中国协和医科大学)

　　2.北京大学医学部(原北京医科大学)

　　3.复旦大学上海医学院(原上海医科大学)

　　4.长治医学院上海交通大学医学院(原上海第二医科大学)

　　5.中山大学中山医学院(原中山医科大学)

　　6.华中科技大学同济医学院(原同济医科大学)

　　7.四川大学华西医学中心(原华西医科大学)

　　8.中南大学湘雅医学院(原湖南医科大学)

　　9.南方医科大学(原第一军医大学)

　　10.浙江大学医学院(原浙江医科大学)

　　11.首都医科大学

　　12.东北大学中国医学院(中国医科大学)

　　13.吉林大学白求恩医学部(原白求恩医科大学)

　　14.武汉大学医学部(原湖北医科大学)

　　15.山东大学医学院(原山东医科大学)

　　16.哈尔滨医科大学

　　17.天津医科大学

　　18.西安交通大学医学院(原西安医科大学)

　　19.南京医科大学

　　20.河北医科大学

　　21.重庆大学医学院(重庆医科大学)

　　22.南京大学医学院

　　23.南开大学医学院

　　24.同济大学医学院(原上海铁道医学院)

　　25.郑州大学医学院(原河南医科大学)

　　26.福建医科大学

　　27.上海交通大学医学院(原上海第二医科大学)

　　28.山西医科大学top-sales.com.cn

　　29.苏州大学医学院(原苏州医学院)

　　30.大连医科大学

国务院学位办公室2000年发表的统计数据

1 北京大学   
2 复旦大学   
3 上海第二医科大学   
4 中山大学   
5 华中科技大学   
6 中南大学   
7 四川大学   
8 首都医科大学   
9 中国医科大学   
10 吉林大学   
11 浙江大学   
12 天津医科大学   
13 南京医科大学   
14 山东大学   
15 武汉大学   
16 河北医科大学   
17 哈尔滨医科大学   
18 苏州大学   
19 暨南大学   
20 重庆医科大学   
21 西安交通大学   
22 青岛大学   
23 郑州大学   
24 北京中医药大学   
25 南京大学   
26 山西医科大学   
27 福建医科大学   
28 中国药科大学   
29 东南大学   
30 安徽医科大学